Территориальный отдел водных ресурсов по Хакасии выпустил ежегодный информационный бюллетень о состоянии поверхностных водных объектов, водохозяйственных систем и сооружений на территории Хакасии. По оценке специалистов, поверхностные воды на большей части территории республики - умеренно загрязненные, загрязненные, а некоторые - попросту "грязные". К "грязным", в частности, отнесено озеро Шира.

Начальника отдела Константин Лысогорский, что дело не в реальном ухудшении вод, а в изменении методики анализа. В 2004 году большинство воды на территории республики получили оценку "чистые". Однако в 2005 году для анализа воды стали применять более расширенный анализ и проверяли на содержание таких ингредиентов, как медь, цинк, алюминий. Как объяснил Лысогорский, содержание в воде этих элементов носит в республике природно-фоновый характер. Металлы и минералы залегают "на пути" у рек и водоемов, а не попадают туда в результате каких-то промышленных катастроф. Он также отметил, что если бы водоемы Хакасии анализировали так же, как и в 2004 году - не принимая во внимание "природно-фоновые загрязнения" - то существенного ухудшения состояния воды, согласно анализу, в 2005 году не наблюдалось бы. Воды Хакасии остались бы в категории "чистые" и "умеренно загрязненные".